Épisode 1 : Chasse à l'homme

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Résumé : La saison reprend l'action huit heures après la fin de la saison précédente ; ils n'ont pas encore été attrapés et la course poursuite continue. Le groupe est réduit à Sucre, Scofield, Burrows, Abruzzi et C-Note. L'avion étant parti sans eux, Scofield révèle qu'il a un « plan B ». T-Bag, abandonné par les autres en mauvais état, n'est pas encore hors course. La Vice-Présidente est devenue la Présidente. Bellick doit partager la traque avec le FBI dont l'agent de tête Mahone découvre le secret de Scofield et le suit de près. Veronica en apprend plus sur le sort de Steadman en discutant avec lui, mais elle doit trouver un moyen d'exposer au grand-jour la conspiration.